Организација 

Одделението за преговори и интеграција е основано како посебна организациона единица на Секторот за европска унија и меѓународна соработка во 2006 година, со трансформација на претходното Одделение за европска интеграција. Формирањето на наведеното одделение беше одговор на нараснатите потреби кои произлегуваат од интензивирањето на процесот на интеграција на Република Македонија во Европската унија и остварувањето на стратешката цел на Република Македонија за членство во Унијата, особено координацијата на активностите за сите области од Поглавјето 24 - Правда, слобода и безбедност.

Притоа, Одделението за преговори и интеграција е пред се фокусирано на координација на Работната група за Поглавје 3.24 Правда, слобода и безбедност, кое се состои од следните подрачја:

• Миграција
• Азил
• Визна политика
• Надворешни граници и граници на шенген зоната
• Судска соработка во кривични и граѓански предмети
• Полициска соработка во кривични и граѓански предмети
• Борба против организиран криминал
• Борба против теророизам
• Борба против дрога
• Царинска соработка
• Фалсификување на еврото.

Работните подгрупи се составени од претставници од релевантните институции и се надлежни да ги имплементираат приоритетите во процесот на пристапување кон ЕУ.

Надлежност на Одделението за преговори и интеграција

Основна надлежност на Одделението за преговори и интеграција е  подготовка за преговори на Република Македонија за членство во Европската унија, со посебен акцент на активностите опфатени во Поглавјето 24 Правда слобода и безбедност,учество во формирањето на идните преговарачки позиции и воопшто давање поддршка на процесот за преговори за пристапување кон Европската унија.

Одделението за преговори и интеграција е алка од системот за управување со процесот на пристапување кон ЕУ во кој се вклучени повеќе субјекти:

Систем за управување со процесот на пристапување кон ЕУ

Во насока на подготовка за преговори за пристапување кон Европската унија, Одделението за преговори и интеграција врши планирање, координација и мониторинг при реализацијата на Национална програма за усвојување на правото на Европската унија  

Националната програма за усвојување на правото на Европската унија е сеопфатен долгорочен документ кој  ја дефинира динамиката на усвојувањето на правото на ЕУ, стратешките насоки, политиките, реформите, структурите, ресурсите и роковите што треба да се реализираат со цел Република Македонија  да ги исполни условите за членство во Унијата. (линк до НПАА на веб страната на СЕП)

 Одделението за преговори и интеграција остварува координација со Европската Комисија преку

• учество на Комитетот за стабилизација и асоцијација,
• учество и кординација на Поткомитетот за правда, слобода и безбедност.
• консултативни состаноци.

 Одделението за преговори и интеграции во изминатиот период ги координираше активностите од надлежност на Министерството за внатрешни работи, што заедно со ангажманот на останатите инволвирани лица и институции во Република Македонија, допринесе во донесувањето на одлуката на Европската комисија за визна либерализација на Република Македонија 

 Покрај наведеното, Одделението за преговори и интеграции

• го анализира степенот на хармонизираност на македонското законодавство со acquis communitaire и предлага мерки за усогласување на националното законодавство,
• остварува соработка и координација со останатите сектори во министерството и Секретаријатот за европски прашања при Владата на Република Македонија, како и со други органи на државната управа,