Со Управата раководи директор кој на предлог на министерот го именува и разрешува Владата на Република Македонија за време од четири години.
Директорот е самостоен во извршување на работите на Управата и за својата работа му одговара на министерот и на Владата на Република Македонија.
На предлог на директорот на Управата, министерот донесува акти за организација и работа и за систематизација на работните места на Управата, на кој Владата на Република Македонија дава согласност.